高中生侦探工藤新一，有一次在和青梅竹马兼同学的毛利兰去游乐园玩的时候，目睹了可疑黑衣人的交易现场。当时只顾着去偷看交易的工藤新一，却忽视了从后面走来的另一名同伙。他被那名同伙强灌了毒药，而当他醒来的时候......“我的身体居然变成了女孩子！”嗯，好像没什么不对。